Końcowa jakość wyrobów mięsnych w dużym stopniu jest uzależniona od ich warunków przechowywania w magazynach. Wdrożenie odpowiednich systemów zapewnienia jakości jest niezbędnym warunkiem zachowania odpowiednich standardów. Dotyczą one zapewnienia wysokiej czystości mikrobiologicznej mięsa, poprzez wdrożenie odpowiednich procedur. Do nich należy zapewnienie odpowiednich standardów wykonania powierzchni magazynowych, takich jak: podłogi, sufity, ściany i drzwi. Na etapie projektowania magazynów dla przemysłu mięsnego należy zapewnić odpowiednią wielkość drzwi, nienasiąkliwość materiałów wykończeniowych, łatwość mycia i dezynfekcji.